Masjid ini diyakini berada di lokasi tempat Ali bin Abi Thalib رضي الله عنه melaksanakan shalat Id bersama kaum muslimin pada masa kekhalifahannya. Keberadaan masjid ini menjadi bagian dari jejak sejarah kepemimpinan Islam di Madinah.
Ali bin Abi Thalib adalah sosok yang tumbuh dalam asuhan Rasulullah dan menjadi salah satu orang pertama yang memeluk Islam. Keteladanan beliau tampak dalam keadilan, kezuhudan, dan komitmennya terhadap kebenaran, baik sebagai sahabat maupun sebagai khalifah.
Masjid Ali bin Abi Thalib mengajarkan umat Islam tentang nilai keberanian dalam membela kebenaran, kebijaksanaan dalam kepemimpinan, serta keikhlasan dalam mengabdi kepada Allah dan umat.